İlk oyun ile aynı zamanda hatta aynı adada geçen oyunda, Teğmen Nomad’ın yanında yer alan Çavuş Sykes yani herkesin bildiği isimi ile Psycho’u kontrol ediyoruz. Oyunda, ilk Crysis oyununda bulunmayan özelliklerde var. Bunlar taşıtlar ve iki elde silah tutabilmek gibi. Oyunun hikayesi ise 2020 yılında Hint Denizinde bir adada, haritanın diğer ucunda geçmekte.

Amerika, Hint denizi üzerinde bir ada da yükselen enerji dalgalarını tespit ediyor. Adaya özel olarak geliştirilmiş kıyafetleri olan ekibi adayı incelemeleri için gönderiyor. Gittiğimiz adada, Kore tarafından gönderilmiş bir ekip var. Bu ekip keşfettikleri bir uzaylı topluluğun teknolojilerini anlamaya ve bunu bir silah haline getirmeye çalışır. Ekibimiz ile birlikte amacımız hem buna engel olmak hem de uzaylılar ile savaşmak.

23 Ağustos 2023 tarihinde bir Birleşik Devletler Deniz Piyadeleri Kuvvetleri Recon birimi, insanlığı yok etmeye çalışan uzaylı bir ırk olan Ceph ile mücadeleleri konusunda oldukça önemli ve hayati bilgilere sahip olan Eski Crynet çalıasını Doktor Nathan Gould’u bulmak için New York’a gider. Fakat seyahat sırasında Ceph denizaltıyı batırır. Bundan sonra birbirini takip eden trajik olaylar yaşanır.

Crysis 2 oyunundaki olaylardan sonra, Psycho ve Prophet, Ceph’in en büyük lideri olan Alpha Ceph’i aramak için dünyayı dolaşır. İkili sonunda Rusya’da Alpha Ceph’in izini bulur ve onu hapsederler. Ancak CELL Corporation, Prophet’i Sibirya’da devre dışı bırakır. İçlerinde bulunan Ceph genetiğini kurtarmak için kıyafetlerini ve derilerini yüzer. Prophet derisini yüzmesi için New York’a nakledilir.

İlk oyunun yenilenmiş grafik ve oynayışı ile bizlere sunulan Crysis Remastered’da, Raptor takımı Hint Denizi’nde bulunan bir adaya iniş yaparken bir patlama sonucu ayrı düşer. Takım bir yandan toplanmaya çalışırken diğer taraftan da Kore askerleri ve uzaylılar ile mücadele eder. İlk oyunda bulunan kötü vuruş hissiyatı gibi özelliklerin yeniden yapımda değiştiğini görüyoruz.